行政院衛生署中醫藥委員會於98年6月針對全國中醫院所進行審查，以做為衛生署中醫師臨床訓練及承辦提升中醫醫療品質計畫的指定中醫院所。評鑑審查內容包括中醫師、藥師、護理師的配置、病人安全及權益、臨床教學訓練、品質管理與改善等四大項目，經過嚴格的審查，全國有26家中醫院所成為合格訓練醫院，其中只有7家中醫院所被評為優等訓練醫院，而嘉基中醫部再次榮獲衛生署評鑑為雲嘉地區唯一「優等」。另外，衛生署中醫藥委員會亦於98年7月針對中醫醫療機構負責醫師訓練計畫做實地訪查，審查結果評定嘉基中醫部為優等訓練醫院，使嘉基中醫部成為雲嘉地區中醫臨床醫療服務、教育訓練、研究的重鎮與堡壘。

  嘉基為服務雲嘉地區廣大患者的需求，於民國85年7月成立中醫科，並建立中西醫合作模式，並於91年成立中醫傳統醫學中心，陸續設立內科、婦科、兒科、針灸科、骨傷科等五科，且積極參與癌症團隊（提供安寧病房中醫治療及血液腫瘤科病房的住院中醫會診），建立西醫住院會診中醫的服務，提供民眾最好的中醫醫療服務。此外，更參與阿里山南三村（山美、新美、茶山）及支援朴子聖心教養院的醫療服務，照顧偏遠地區及弱勢族群的醫療需求，受到南三村居民及聖心教養院院童家屬的肯定。

  除了中醫醫療服務外，嘉基中醫部更是中國醫藥大學中醫系及學士後中醫學系醫師的見、實習教學院所。嘉基中醫部承接行政院衛生署提升中醫醫療品質等相關計畫，包括：『中醫臨床教學訓練改善計畫』、『腦血管疾病西醫住院中醫輔助醫療計畫』、『小兒氣喘優質門診計畫』、 『小兒腦性麻痺優質門診計畫』、 『腫瘤患者住院會診中醫計畫』等，使氣喘、腦性麻痺的小朋友接受整體的優質中醫照護，並使中風及癌症住院病患得以用健保給付方式接受最佳的會診中醫服務。

  未來，中醫部將於98年12月28日搬遷到保健大樓的一樓大廳，以嶄新的醫療團隊與設備持續提供最好的中醫醫療服務，除了與坐月子中心合作提供產後中醫藥膳調養之外，並擬積極參與亞急性病房的醫療服務，加強與嘉基西醫各科的合作，期望更能提供優質且全方位的中醫醫療服務，造福雲嘉地區的鄉親。