本科長期服務嘉義地區民眾，目前有11名胃腸肝膽專科醫師，規模為嘉義地區之首。儲備有最新彩色都卜勒腹部超音波，電子顯微鏡胃腸鏡，窄頻光早期癌偵測系統，高頻內視鏡超音波探子，逆行性膽胰管內視鏡等尖端診療設配之外，也備有最新抗BC肝病毒藥物及長效型干擾素以治療慢性肝炎患者。另外本院成立的保肝小組，更以個案管理的方式對慢性肝炎、肝硬化及肝炎工全面性的照護。
本院治療性內視鏡團隊提供內視鏡黏膜下剝離術等技術處理早期胃腸道早期癌與腫瘤；胃食道逆流提供抗酸逆流術等內視鏡治療；更提供胃內水球與胃內縫合等技術以低侵入的方式治療肥胖。