診治血液病及惡性腫瘤之相關疾病，負責院內癌症病友之化學治療及標靶治療與會診。現有病床45床，並設有骨髓移植室，引進高效率過濾網（HEPA Fliter）備有符合太空總署落塵數少於100及之無菌室，以及保護隔離病房提供缺乏免疫病友的安全照顧。
本科有血液幹細胞分離技術及設備、液態氮保存幹細胞系統、自備血小板分離技術及儀器、保護隔離病房、無菌室等，為處於危險又辛苦的病友提供安全的後盾照顧。
本院骨髓移植手術自 1999年雲嘉首創以來，迄今已提供雲嘉移植病友10年以上之服務，每年約有13000(含每年500-600人次門診化療)人次化學治療，每月服務門診癌症病友約2000-2500人次，住院病友服務約400-500人次，成績不亞於醫學中心。