胸腔外科臨床服務的範圍有氣管、支氣管、肺、食道、縱膈腔、胸廓及橫膈膜等部位疾病的診斷與治療，包括：胸腔鏡微創手術，肺部惡性腫瘤的外科診斷與治療，食道惡性腫瘤的外科診斷與治療，縱隔腔、肋膜與其它胸腔病變的外科診斷與治療，硬式支氣管鏡的診斷與治療，氣管支架與食道支架手術等。
本科注重病患之臨床服務，提供以人為本的醫療，亦重視胸腔疾病之研究及治療，研究著重於肺移植相關、胸腔創傷及微創手術、臨床肺癌及食道癌外科等領域，目前正積極尋求跨部門研究的合作，與論文的發表。在教育後進方面，持續建構良好的教育培訓制度，目標是成為雲嘉南地區胸腔癌症與微創手術的主要訓練醫院之一。並結合院內友科及社區相關醫療機構，建立良好的互動