本科是嘉南地區中最早成立專業分科之大腸直腸肛門外科，至今已成立逾十年，結合來自醫學中心陣容堅強的醫師群，提供病患全方位的醫療。本科的診治範圍有大腸直腸肛門腫瘤(息肉、良性腫瘤、惡性腫瘤)、大腸直腸良性疾患(憩室、腸扭轉等)、肛門周圍良性疾患(痔瘡、廔管、膿瘍、肛裂等)、大腸直腸功能性障礙、直腸肛門生理功能檢查。本科內視鏡設備完善，技術精良，常規施行無痛大腸鏡篩檢或治療。另外配備有先進的腹腔鏡器械，與歐美日同步。大腸直腸微創手術，用精密腹腔鏡進行適當之大腸直腸手術，可以大幅縮小傷口，減少傷口疼痛，縮短住院天數，早日恢復正常生活。
[ 本科設備 ]
1、內視鏡：肛門鏡、無痛大腸鏡、硬式、軟式乙狀結腸鏡。
2、直腸鏡及經直腸肛門超音波等檢查。
3、腹腔鏡手術：引進先進的內視鏡血管組織凝血機(Ligasure)，超音波刀(Harmonic)，使用
最新內視鏡手術專用的器械，利用精密腹腔鏡進行適當之大腸直腸手術。
4、腸造口治療室：提供病人術後傷口照護及飲食注意事項，並輔導病人及家屬生理及心理
的復健，回饋社會，減少社會負擔；病友會的成立促使病人及家屬，有機會跟相同的病
患聯誼交換日常生活心得，並定期舉辦病友聯誼會及戶外郊遊，引導病人家屬回歸日常
生活。
5、無痛大腸鏡檢查室
[ 本科特色 ]
本科秉持不斷創新，發展特色醫療的精神，在臨床醫療照護上有多項的特色，包括：
1. 術前同步電化療，致力於中低位直腸癌肛門括約肌保留手術。
2. 針對第三-四期大腸直腸癌病患使用最新化療藥物及標靶藥物(Avastin、Erbitux)，提升整體病患存活率或延長存活期。
3. 全面執行腹腔鏡手術治療大腸直腸癌，病患術後恢復快速，預後良好。
4. ESD(Endoscopic Submucosal Dissection)、EMR(Endoscopic mucosal resection)等內視鏡手術，治療早期大腸直腸癌(superficial T1)及無莖性腺瘤性息肉(sessile polyp)，免除病患腸段切除手術痛苦，治療效果良好。
近期抗癌藥物(本院已引進最新標靶治療藥物)及放射線治療的進步，讓本科治療大腸癌的工具更趨完善，大大提升大腸直腸癌存活率。展望未來，隨著醫院的擴建與設備的提升，大腸直腸肛門外科將以更高層次的品質服務病患，成為雲嘉南地區最完善的大腸直腸癌治療中心。