現有專任主治醫師十五名，提供各式兒童醫療及兒童保健門診，為雲嘉地區陣容最堅強的醫師群。設有新生兒、兒童過敏免疫科、兒童心臟科、兒童神經科、兒童腸胃科、兒童感染科、兒童腎臟科、兒童內分泌代謝科等次專科，並有一名重症加護專責醫師。可提供業務範圍包括：門診、24小時急診、一般病房、新生兒加護病房、兒童加護病房和新生兒病房（NBC），並提供新生兒外接服務，是嘉雲地區兒童重症患者的主要後送醫院。此外有二名兒童外科醫師為雲嘉地區唯一可以提供24小時兒童外科急症的處理中心，相信可以提供雲嘉地區兒童醫療全方位的服務。
新生兒科，本院可提供罕見疾病篩檢及臍帶血過敏體質檢測，更有新生兒聽力篩檢之設備。本科加護病房備有保溫箱、呼吸輔助器、呼吸監視器、心電圖監視器等先進完善的設備，加上專業細心的護理人員，針對早產兒及重症患童可施行特別的醫療照顧。另本院是嘉雲地區早產兒照顧的重症醫院。
兒童心臟科配備完整的心臟超音波及心導管檢查儀器，更可進行氣球擴張術等治療，加上與心臟外科的配合，對於先天性心臟病童可提供完善的醫療服務。民國八十四年起，成為中華民國心臟病兒童基金會合約醫院，並提供新生兒心臟超音波篩檢，對於先天性心臟病的防治不遺餘力。
兒童過敏免疫科，致力於各種過敏疾病控制，例如氣喘、過敏性鼻炎、異位性皮膚炎和蕁麻疹的控制。可以提供血液過敏原的篩檢和過敏皮膚測試，亦可做初步免疫能力的檢查和各種自體免疫疾病的篩檢。
兒童神經科主要診治之疾病，包含嬰幼兒之生長發育評估，發展遲緩兒童之診斷及治療，癲癇、腦炎及腦膜炎之治療與長期追蹤，以及頭痛、頭暈、妥瑞症等等之各種神經疾患。
兒童內分泌及代謝科為患者提供全面的服務，其中包括身材矮小、性早熟、發育遲緩、兒童肥胖、兒童及青少年糖尿病、甲狀腺低能及腫大、副甲狀腺疾病、性徵不明及生殖器發育異常、尿崩症、新生兒代謝篩檢諮詢等代謝內分泌問題的疾病。提供由住院治療、代謝內分泌檢驗、代謝內分泌諮詢、門診評估及兒童及青少年糖尿病長期追蹤、體位管理長期追蹤、營養諮詢聯合門診對病人進行飲食衛教的服務。另外也就多種內分泌疾病及檢驗步驟提供部門指引，以作為治療的參考。
兒童腎臟科，本院為中南部少數提供兒童腎臟專科醫師服務之醫院；而且是雲嘉地區唯一提供各種兒童腎臟疾病之診斷與治療之服務，其範圍涵蓋預防、早期診斷、急性腎病及慢性腎病之治療、腎臟泌尿道超音波篩檢、尿液篩檢陽性病童的處治，腎病症候群、腎絲球腎炎、血尿、蛋白尿、泌尿道感染、狼瘡性腎炎、尿床、頻尿、腎小管功能異常，以及末期腎病變及急性腎衰竭等等。此外，由於本院有完善的小兒外科，及先進的影像診斷和核子醫學檢查設備，相輔相成之下，遂成為雲嘉地區許多合作醫院的後送中心，為先天性泌尿道構造異常
的患童，提供確切快速的診斷、外科手術以及術後整合的照護與追蹤。
兒童腸胃科,目前有兩位兒童腸胃次專科醫師,可提供腹部超音波、兒童內視鏡檢查和止血處置、內視鏡消化道異物移除術、營養諮詢、營養評估和B型肝炎篩檢及追蹤。另外兒科部有兩位小兒外科專科醫師能夠提供即時的手術處置。
兒童感染科，目前有兩位感染科主治醫師，可提供雲嘉地區兒童感染症的諮詢，治療及醫療保健服務並在腸病毒重症的治療有完整整合的照護。
完整的兒童次專科，並有一名重症加護專責醫師。可提供嘉雲地區兒童醫療全方位的服務。