本院設有新生兒一般及重症加護病房。

本院加護病房有造價百萬之長頸鹿保溫箱、各式呼吸器(含輸送型及高頻呼吸器)、吸入性一氧化氮、低溫治療機及腦波監測儀、新生兒血液透析儀等先進完善的設備。

兒童加護病房有兩位新生兒科專責醫師負責醫療業務，加護病房護理師具新生兒急救及兒科急重症護理師証照，可提供極低體重早產兒及重症患童專業良好的醫療照護。

本院亦為南區母乳庫雲嘉首間母乳衛星站，可提供早產寶寶最優質的母乳供應。

除早產兒急性照護之外，本院設有早產兒追蹤門診，早產兒個案管理師會定時安排早產兒進行心智評估檢查，以利早期療育的適時介入。嘉義基督教醫院為嘉雲地區早產兒照顧的重症醫院，更為國內早產兒基金會追蹤小組核心醫院之一員。

從出生、出院至學齡，本院提供早產寶寶最佳照護及追蹤，和您一起守護孩子健康長大。