展望未來，2009年將會是嘉基成長中相當重要的一年，首先是東院區的建築即將於年底完工，各項流程更動與搬遷規劃都須進行。其次在今年本院將接受第二次新制醫院評鑑，本次評鑑以新制醫院評鑑特優與新制教學醫院評鑑優等為目標，也為未來面對醫學中心評鑑挑戰預做準備。
東院區的新門診中心，將是一個完全以「病人為中心」設計理念的門診大樓，單位的配置打破以部門為區隔的界限：為減少須照射X光病人的奔波，將影像醫學科與骨科、胸腔內科等規劃為同一層樓；將注射室與化療注射室、血液腫瘤科放置同一區；並增設整合的衛教區域，提供病人更完整的疾病衛教資訊。檢驗部門設有注重隱私的個別採血空間，與提供病人方便的採檢廁所。病人從掛號、報到、看診、領藥，也將採用電子化的健保IC卡流程，並配合病歷電子化，醫師與病人皆不再需要等候病歷調閱的時間，提供病人更迅速的看診流程。
在臨床醫療方面，嘉基將持續發展具特色的醫療項目，如：大直腸內視鏡手術、燒傷暨傷口照護中心、心臟電氣生理治療、神經影像侵入性處置、整合性癌症照護等。繼成立老人醫學科之後，今年計劃成立一般醫學科，以提升住院醫師全人照護的教育品質，並可提供PGY1教學與院內教學評估的示範。在病人安全方面，將以「病安醫品中心」為主體推動病人安全工作，包括引進醫策會「醫療團隊合作」(TRM)課程於院內推動，促進團隊間溝通減少醫療異常事件。
癌症整合照護為本院醫療發展的重要特色，本院癌症中心以多專科照護團隊，建立以病人為中心的醫療照護模式，依照最新的診療指引，為每一個病人擬定個人化治療計畫。癌症中心設有個案管理師制度，在癌症診斷後，由護理專業的個案管理師，以病人為中心、專業關懷個別病患完整的治療、追蹤過程，提供病患在疾病各治療階段中所需要的資訊、照護與支持；嘉基並有完整的癌症資料庫登記品管系統，全院統一性的化學治療安全管控機制。各種提升癌症診療品質的努力，使本院在2008年衛生署國民健康局的癌症診療品質認證中，與醫學中心同列國內16家獲得最高等級「A級」認證的醫院之一，未來將由目前的六大癌症醫療團隊，擴展為涵蓋全癌症的多專科醫療團隊，持續高品質的癌症醫療服務。