市面上出現許多宣稱是「健康食品」、「保健食品」、「營養食品」等行銷術語的產品，售價昂貴又萬能功效，琳瑯滿目讓人不知如何選擇？「健康食品管理法」自民國八十八年八月三日正式生效施行後，政府對市售健康食品有了管理依據，「健康食品」從日常用語（商業名詞）轉變為「法律名詞」，而其餘只是一般食品的一種用語，是普通名詞而已。
健康食品管理法標示管理：
依健康食品管理法第二條、第六條及第七條，食品標示或廣告為「健康食品」或具有衛生署公告認定之保健功效者，應於上市前申請許可，經審查通過使得為之；違反規定，依該法第二十一條處三年以下有期徒刑，並得併科罰金新台幣一百萬元以下罰金。
健康食品之製造、輸入，應符合良好作業規範GMP(Good Manufacturing Practice)，並以中文及通用符號顯著標示於容器、包裝或說明書上。健康食品之標示或廣告不得有虛偽不實、誇張之內容，其宣稱之保健效能不得超過許可範圍，亦不得涉及醫療效能之內容。
建立雙軌同進之管理：
民國九十五年五月十七日正式邁向雙軌查驗登記制度，賦予登記制度更彈性更開放的空間。第一軌個案審查部份，現有13項之保健功效評估方法：免疫調節作用、調節血脂作用、改善骨質疏鬆、調整腸胃功能、牙齒保健、調節血糖、護肝、抗疲勞功能、延緩衰老功能、促鐵吸收功能、調節血壓、輔助調整過敏體質、不易形成體脂肪。第二軌是以食品合乎衛生署公告的規格標準來申請，目前只有魚油和紅麴健康食品兩種規格標準。
健康食品許可證小綠人標誌一樣不變，僅以字號作區隔，第一軌是衛署健食字第A12345號，第二軌是衛署健食字第規12345號。而依規格標準審核通過的產品，業者需在產品上加註「本產品功效由學理得知，非由實驗確認」的字樣。
強化風險整合管理：
食品與藥品之間的管理有很大的重疊性，尤其近年來盛行的健康食品以及傳統的中草藥，要整合才可以做更好的管理。於2010年上路的台灣食品藥品管理局（TFDA）將整合現有的食品衛生處、藥政處、藥物食品檢驗局、管制藥品管理局等四單位。未來對新產品的潛在危機、一般例行性檢驗、抽查、管理及法規的全面性等都將有更整體風險評估、分析、溝通而進行政策訂定，此對消費者將有更大的保障。
參考資料來源：行政院衛生署食品衛生處食品資訊網